С 2020 года в составе Молодежного центра предусмотрено создание тематических штабов - временных подразделений для реализации конкретных задач:
- Организация работы кураторов первокурсников и помощь в координации тренеров команд первокурсников;
- Социологические исследования среди студентов и сотрудников института;
- Защита прав и интересов учащихся;
- Организация профориентационных, воспитательных и корпоративных мероприятий.
В 2020 году свои функции выполняли Штаб наставников и Социально-правовой штаб.

Штабы являются частичными наследниками отдела развития и отдела по работе со студентами, возглавляемыми в 2018-2019 гг. Марией Полетаевой, а в 2019-2020 гг. Тимуром Седельниковым. В 2022 году Штаб наставников возглавила Илона Овчинникова. Подразделения создаются при необходимости или регулярно на фиксированный период времени с назначением ответственного руководителя.